マニュアルを見ていると、Album、Application、SubmissionUnitなど様々な概念が出てきてわかりにくいです。わかりやすくまとめてください。
視覚的に把握できるよう、図でお示しします。
Power ViewerのStartWindowの各画面を使いこなすには、以下を理解する必要があります。

SubmissionUnitはApplicationに属し、ApplicationはAlbumに属します。そしてTagはApplicationに対して付与されます。
ApplicationがeCTD受付番号フォルダに対応する階層の概念で、SubmissionUnitはその直下のフォルダに対応します。
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